Yumekui Merry dimulai dengan Yumeji Fujiwara, seorang siswa sekolah menengah yang tampaknya rata-rata. Namun sepuluh tahun yang lalu, Yumeji memperoleh kemampuan untuk melihat aura mimpi orang lain di sekitarnya. Kemampuan ini memungkinkan Yumeji untuk meramalkan jenis mimpi apa yang cenderung dimiliki orang selanjutnya. Mimpi orang lain mungkin bukan misteri bagi Yumeji, tetapi mimpinya sendiri baru-baru ini membuatnya bingung. Dalam mimpi demi mimpi, Yumeji dikejar oleh sepasukan kucing yang dipimpin oleh John Doe, yang mengklaim dia membutuhkan tubuh Yumeji untuk memasuki dunia nyata.
Kejadian aneh ini menjadi asing ketika Yumeji bertemu Nightmare Merry, setan mimpi yang ingin kembali ke dunianya sendiri. Menggunakan kekuatannya, Yumeji memutuskan untuk membantu Merry untuk kembali ke rumah. Tetapi kehadiran Merry di dunia nyata berarti bahwa penghalang yang memisahkan mimpi dan kenyataan telah dihancurkan, dan tidak semua setan mimpi berniat datang ke Bumi dengan damai …
